Dilahirkan di Ozumba, State of Mexico, pada tahun 1737, dia memeluk kerjaya keagamaan dan ditahbiskan sebagai imam pada usia dua puluh.
Walaupun telah menjalani latihan falsafah, sejak usia muda dia mementingkan pengetahuan dan aplikasi sains semula jadi, fizik, matematik dan astronomi. Dia menerbitkan karya-karya berharga mengenai subjek ilmiah di akhbar dan majalah pada zamannya. Dia memperoleh reputasi antarabangsa dan dilantik sebagai rakan sepadan di Paris Academy of Sciences. Dia menghabiskan sebahagian besar waktunya untuk melakukan eksperimen sains dan mengumpulkan perpustakaan yang luas. Dia adalah pengumpul kepingan arkeologi dan spesimen tumbuhan dan haiwan yang jarang berlaku. Terokai Xochicalco. Untuk memberi penghormatan kepadanya, pada tahun 1884 Persatuan Ilmiah Antonio Alzate didirikan, yang pada tahun 1935 menjadi Akademi Sains Nasional. Karya editorialnya yang paling terkenal adalah catatan Sejarah Kuno Mexico oleh Jesuit Francisco Javier Clavijero. Dikatakan bahawa dia adalah saudara jauh dari Sor Juana Inés de la Cruz. Dia meninggal di Mexico City pada tahun 1799.
