Penjajahan di negeri-negeri yang jauh ini dicapai berkat kehendak dan kerja keras sekelompok mubaligh Jesuit yang tidak putus-putus yang, mengetahui bahawa para penakluk belum dapat menaklukkan orang asli, memutuskan untuk membawa Injil kepada mereka, sehingga mencapai dengan kata apa yang tidak dapat dicapai dengan menggunakan senjata.
Oleh itu, pada akhir abad ke-17, di bawah inisiatif antusias Jesuit Eusebio Kino, yang mendapat izin dari pihak berkuasa Sepanyol untuk memulakan ekspedisi Laksamana Isidro Atondo y Antillon, para mubaligh tiba di apa yang kemudian dipercayai sebagai sebuah pulau, untuk menginjil penduduknya yang tidak dikenali. Untuk memberikan izin, Mahkota telah membuat syarat bahawa penaklukan dilakukan atas nama Raja Sepanyol dan bahawa para mubaligh itu sendiri memperoleh sumber daya untuk melaksanakan usaha tersebut.
Misi pertama, Santa María de Loreto, didirikan pada tahun 1697 oleh Pastor José María Salvatierra, yang pernah berada di Tarahumara, dan yang diusulkan oleh Bapa Kino untuk melaksanakan pekerjaan besar itu. Santa María de Loreto selama lebih dari seratus tahun menjadi ibu kota politik, ekonomi dan keagamaan di California.
Selama tiga perempat abad berikutnya, para mubaligh mendirikan rantai delapan belas kubu yang luar biasa, yang dihubungkan dengan apa yang disebut "jalan kerajaan" yang mereka sendiri bina, menghubungkan wilayah Los Cabos, di selatan semenanjung, ke perbatasan semasa dengan jiran sebelah utara; Ini mungkin kerana di kalangan para mubaligh ada pendeta yang mempunyai pengetahuan tentang pembinaan dan kejuruteraan hidraulik.
Sebahagian daripada pembinaan yang hebat ini dapat bertahan dalam keadaan sempurna, seperti di San Ignacio, salah satu yang paling indah dan terpelihara, dibina oleh Bapa Juan Bautista Luyando pada tahun 1728; San Francisco Javier, yang didirikan pada tahun 1699, yang terdiri dari sebuah kapel adobe yang rendah hati dan sebuah rumah pendeta yang dibina oleh Fray Francisco María Piccolo; bangunan semasa dibina pada tahun 1774 oleh Pastor Miguel Barco, dan kerana seni bina yang indah, ia telah dianggap "permata misi Baja California Sur"; Santa Rosalía de Mulegé, yang didirikan pada tahun 1705 oleh Pastor Juan María Basaldúa, 117 kilometer ke utara Loreto, adalah salah satu lokasi terbaik, kerana ia dibina di sebuah oasis di tepi laut.
Misi menggabungkan keindahan seni bina dan kekayaan hiasan dengan persekitaran praktikal, yang membolehkan penempatan kekal didirikan di sekitarnya. Para mubaligh tidak hanya menginjil orang asli, tetapi mengajar mereka untuk menjadikan padang pasir berbuah dengan kurma; mereka memperkenalkan ternakan dan penanaman jagung, gandum dan tebu; Mereka berjaya membuat tanah menghasilkan pohon buah-buahan seperti alpukat dan buah ara, dan untuk mematuhi upacara keagamaan yang memerlukan wain dan minyak, mereka mendapat izin untuk menanam pohon anggur dan pohon zaitun, yang dilarang di seluruh New Sepanyol, dan berkat hari ini wain dan minyak zaitun yang sangat baik dihasilkan di rantau ini. Dan jika semua ini tidak mencukupi, mereka juga memperkenalkan semak mawar pertama yang tumbuh subur di negeri-negeri ini dan yang hari ini menghiasi taman dan kebun di seluruh semenanjung.
