Agama yang memasuki wilayah yang tidak berpenduduk di utara New Spain mempunyai idea untuk menukar negara-negara "barbar" menjadi Kristian dan dengan demikian juga menyatukan mereka ke dalam kehidupan politik, kemudian menemukan sekolah dan kota di kampung-kampung yang sebelumnya didirikan oleh mereka.
Untuk mencapai objektif ini, ibu bapa, yang selalu didampingi oleh kumpulan bersenjata, mendekati orang bukan Yahudi dan menawarkan mereka perlindungan dari Gereja dan Mahkota Sepanyol sebagai pertukaran untuk menerima pendidikan Kristian. Orang India yang menerima, berkumpul untuk membangun misi, menjadi tempat perlindungan bagi orang India dan tempat untuk belajar teknik pertanian Eropah dan perdagangan lain.
Setelah penenangan telah selesai, misi itu menjadi sebuah kota yang baru dengan gereja, sementara para mubaligh berpindah ke tempat lain untuk memulakan semula pekerjaan penginjilan mereka. Sistem ini berisiko, kerana orang India utara tentunya memberikan tentangan tertentu, karena mereka lebih bermusuhan daripada yang ada di tengah, dan mereka melarikan diri menuju gunung.
Pertukaran itu dilakukan berdasarkan pemberian tanah dan perlindungan bagi orang India sebagai ganti ketaatan. Mereka yang menentang dihukum, sementara mereka yang mengatur pemberontakan dihukum mati.
Setelah suku pribumi dikumpulkan, inti atau kepala utama disatukan, yang terdiri dari beberapa kota dan penempatan yang tunduk padanya. Para mubaligh tinggal di hulu sungai dan bertugas di sekurang-kurangnya dua kampung yang mengunjungi. Tiga atau lebih mubaligh bergantung kepada rektor dan pelawat tempatan. Pertubuhan ini bersama-sama membentuk sebuah Wilayah.
Pertama, sebuah gereja yang terbuat dari batu didirikan dan di sekelilingnya, dengan adobe, rumah-rumah dibangun untuk para biarawan yang akan menginjil, matahari, dadu dan keluarga pribumi, dan umumnya sebuah sekolah. Di pertubuhan-pertubuhan ada yang dapat kita sebut struktur ekonomi primitif. Mereka memiliki kawasan untuk penanaman, menyemai tanah, membuka jalan dan saluran pengairan; memelihara ternakan, sayur-sayuran dan aktiviti tukang. Katekismus, membaca, menulis dan muzik diajar di sekolah.
Seiring berjalannya waktu, beberapa misi ditinggalkan sepenuhnya kerana berbagai peristiwa, seperti pengusiran orang Yesuit pada tahun 1767, penyebaran penyakit yang dibawa oleh orang Sepanyol, serangan oleh orang-orang India "barbar", keadaan cuaca, jarak jauh dan sedikit wang untuk mengekalkannya. Sebilangannya dipelihara hari ini sebagai gereja dan yang lain sekarang membentuk populasi yang sangat penting. Walau bagaimanapun, dari beberapa misi hanya lokasi lokasi awal mereka diketahui dan yang lain hanya runtuhan yang tersisa.
Para Jesuit menubuhkan misi di Baja California Norte dan Sur, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, Nayarit utara, sebahagian dari Durango dan Coahuila. Setelah keberangkatan mereka, orang-orang Dominikan menetap di utara Baja California, sementara orang-orang Fransiskan menginjil Tamaulipas dan Nuevo León dan menggantikan para misionaris Ordo Loyola di bahagian selatan Baja California, Sonora, Sinaloa, Chihuahua, Nayarit, Durango dan Coahuila. Di pusat utara, setelah pemberontakan Zacatecos - yang menghalang misi Fransiskan daripada terus berlanjutan - orang asli mengorganisasi diri menjadi biara.
Pada tahun 1563 Kapten Francisco de Ibarra menjelajah wilayah yang merangkumi negara Sinaloa sekarang dan mendirikan beberapa bandar. Namun, ini berlangsung dalam waktu yang singkat dan tidak sampai 1591 atas perintah gabenor Nueva Vizcaya, bapa Jesuit Gonzalo de Tapia dan Martín Pérez ditugaskan untuk menginjili wilayah tersebut.
Agama menyeberangi Sierra Madre Occidental pada bulan Mei tahun yang sama, memasuki Acaponeta, Nayarit, dan melalui Culiacán mereka tiba di lokasi, di mana pada 6 Jun 1591 mereka mendirikan bangunan pertama mereka: San Felipe de Sinaloa.
