Hidalgo berangkat ke Aguascalientes dan menuju ke Zacatecas. Di sini ditentukan bahawa para pemimpin utama, dengan pasukan terbaik dan wang, pergi ke Amerika Syarikat.
Setelah mereka dalam perjalanan, mereka ditawan oleh golongan kerajaan pada 21 Mac di Norias del Baján atau Acatita del Baján. Hidalgo dibawa ke Monclova, dari sana ia berangkat pada 26 Mac melalui Alamo dan Mapimí dan pada 23 ia memasuki Chihuahua. Kemudian proses itu dibentuk, dan pada 7 Mei pernyataan pertama diambil. Watak gerejawi Hidalgo menyebabkan prosesnya ditangguhkan lebih daripada yang dilakukan oleh para sahabatnya.
Hukuman turun turun dijatuhkan pada 27 Julai dan pada 29 Julai dijatuhkan di Hospital Diraja di mana Hidalgo dipenjarakan. Majlis Perang mengecam tahanan itu diserang, bukan di tempat umum seperti rakannya, dan menembaknya ke dada dan tidak ke belakang, sehingga memelihara kepalanya. Hidalgo mendengar hukuman itu dengan tenang dan bersedia untuk mati.
Hari terakhirnya telah dijelaskan sebagai berikut: “Kembali ke penjara, dia dihidangkan sarapan coklat, dan setelah mengambilnya, dia memohon agar, bukannya air, dia diberi segelas susu, yang dia selesaikan dengan penampilan selera dan kesenangan yang luar biasa. Sebentar kemudian dia diberitahu bahawa sudah tiba masanya untuk pergi ke siksaan; Dia mendengarnya tanpa perubahan, bangkit berdiri, dan menyatakan bahawa dia sudah bersedia untuk pergi. Dia keluar, sebenarnya, dari kubus mengerikan di mana dia berada, dan setelah maju lima belas atau dua puluh langkah darinya, dia berhenti sejenak, kerana pegawai pengawal telah bertanya kepadanya apakah ada sesuatu yang ditawarkan kepadanya untuk membuang yang terakhir; Oleh itu, dia menjawab ya, bahawa dia ingin mereka membawanya beberapa gula-gula yang telah ditinggalkannya di bantal: mereka memang membawanya, dan setelah membagikannya di antara tentera yang sama yang akan melepaskan tembakan ke arahnya dan berjalan di belakangnya, dia mendorong dan menghibur mereka dengan pengampunannya dan kata-kata paling manis untuk melakukan tugas mereka; Dan karena dia tahu betul bahawa dia telah diperintahkan untuk tidak menembak kepalanya, dan dia takut dia akan menderita banyak, kerana masih senja dan benda-benda itu tidak dapat dilihat dengan jelas, dia menyimpulkan dengan mengatakan: "Tangan kanan yang akan aku letakkan di dadaku akan , anak-anak saya, sasaran selamat yang mesti anda tuju ”.
"Bangku penyiksaan itu ditempatkan di sana di kandang dalaman sekolah yang dirujuk, tidak seperti apa yang dilakukan dengan pahlawan lain, yang dieksekusi di dataran kecil di belakang bangunan tersebut, dan di mana monumen itu ada hari ini. yang mengingatkan kita akan dia, dan pusat membeli-belah baru yang mempunyai namanya; dan ketika Hidalgo mengetahui tempat yang dituju, dia berjalan dengan langkah tegas dan tenang, dan tanpa membiarkan matanya ditutup matanya, berdoa dengan suara yang kuat dan bersungguh-sungguh mazmur. Dia tiba di perancah, menciumnya dengan pengunduran diri dan rasa hormat, dan walaupun ada pertengkaran yang tidak membuatnya duduk dengan punggungnya berpusing, dia mengambil tempat duduk menghadap ke depan, dia meletakkan tangannya di jantungnya, dia mengingatkan para prajurit bahawa ini adalah ke mana mereka harus menembaknya, dan beberapa saat kemudian pelepasan lima senapang meletup, salah satunya menembusi tangan kanan dengan berkesan tanpa menyakitkan hati. Pahlawan itu, hampir tidak sabar, menegaskan doanya, dan suara mereka dibungkam ketika lima lagi muncung senapang diletupkan lagi, yang peluru, melewati badan, memutuskan ikatan yang mengikatnya ke bangku, dan lelaki itu jatuh ke dalam tasik darah, dia belum meninggal; tiga lagi tembakan diperlukan untuk menyimpulkan bahawa keberadaan berharga, yang telah menghormati kematian selama lebih dari 50 tahun. "
Kepalanya, dengan kepala Allende, Aldama dan Jiménez, diletakkan di kandang besi di sudut Alhóndiga de Granaditas di Guanajuato. Jenazah dikebumikan dalam urutan ketiga San Francisco de Chihuahua, dan pada tahun 1824 batang dan kepala dibawa ke Mexico, untuk dikebumikan dengan khusyuk.
