Peninggalan arkeologi Ixtépete, sebuah pusat upacara dekat bandar Guadalajara di perbandaran Zapopan dan penemuan baru-baru ini lebih dari dua puluh kubur poros di Lembah Atemajac, memungkinkan kita untuk menyimpulkan bahawa terdapat pekerjaan penting dalam tempoh klasik (200 SM-650 Masihi)
Tidak lama sebelum penaklukan, Lembah dihuni untuk sebagian besar oleh kumpulan Cocas dan Tecuexes, berkumpul di kampung-kampung kecil bergantung pada penguasaan Tonallan, yang diserahkan tanpa banyak tentangan oleh Nuño Beltrán de Guzmán pada tahun 1530.
Pada akhir tahun berikutnya, Guzmán melakukan penaklukan ke arah utara, mempercayakan Juan de Oñate untuk menyeberangi jurang sungai Santiago dan sejauh mungkin tetapi dengan berhemah, menemui penduduk Sepanyol tanpa mendedahkan dirinya. Oleh itu, pada 5 Januari 1532 di sekitar Nochistlán, di Zacatecas sekarang, Guadalajara didirikan.
Keadaan buruk bagi para peneroka menyebabkan pemindahan kota ini ke Tonalá, tetapi tinggal di sana tidak lama dan segera setelah orang-orang Hispanik menetap di dekat Tlacotan, di mana mereka kekal sehingga tahun 1541. Pemberontakan caxcanes yang lebih dikenali sebagai perang Mixtón, yang Dia membahayakan peraturan Sepanyol, dia sampai di pinggir Guadalajara. Dengan pemberontakan yang diturunkan "oleh api dan darah" oleh tentera berkuasa yang diketuai oleh Viceroy Antonio de Mendoza, kota itu mencapai kedamaian tetapi dibiarkan tanpa buruh pribumi, jadi, untuk mencarinya, mereka memutuskan untuk memindahkan penduduk, dengan cukup Valle de Atemajac, di mana asas terakhir dan pasti dibuat pada 14 Februari 1542. Kemudian, berita itu disahkan bahawa, hampir tiga tahun sebelumnya, raja telah memberikannya pangkat dan hak istimewa kota.
Pada tahun 1546 Paus Paul III mencipta Uskup Nueva Galicia dan pada tahun 1548 Audiencia dengan nama yang sama ditubuhkan; Markas kedua wilayah itu, pada awalnya di Compostela, Tepic, hingga pada tahun 1560 pergantiannya ke Guadalajara diperintahkan, sehingga menjadikannya kepala kehakiman wilayah yang luas kemudian disebut Audiencia Guadalajara, ibu kota Kerajaan Nueva Galicia dan tempat duduknya Keuskupan. Oleh kerana setiap bandar Sepanyol digambar seperti papan catur dari alun-alun San Fernando dan juga kebiasaan, kawasan-kawasan peribumi Mexicaltzingo, Analco dan Mezquitán ditinggalkan. Proses penginjilan dimulakan oleh orang-orang Fransiskus, diikuti oleh orang-orang Augustinian dan Yesuit.
Secara beransur-ansur, dengan kesulitan dan kemunduran tetapi juga dengan kejayaan, Guadalajara berkembang dan memantapkan dirinya sebagai pusat ekonomi dan kuasa, sehingga pada pertengahan abad ke-18 sejumlah besar orang kaya dari Guadalajara ingin Nueva Galicia dan Nueva Vizcaya untuk menggabungkan kesetiaan asing. ke New Spain, suatu objektif tidak tercapai kerana reformasi politik-pentadbiran tahun 1786 berada di depan pintu, yang mengubah struktur wilayah, membagi seluruh kesetiaan menjadi 12 kota, salah satunya adalah Guadalajara.
Semasa jajahan, terutama pada abad ke-18, ledakan ekonomi meninggalkan warisan seni bina, budaya dan seni, kesaksian yang masih ada di seluruh kota.
Udara pro-kemerdekaan yang meluas di seluruh wilayah New Spain menembus Jalisco, sehingga ketika Perang Kemerdekaan meletus di berbagai daerah di Perbandaran terjadi pemberontakan.
Pada 26 November 1810, Don Miguel Hidalgo, yang memerintahkan tentera besar, memasuki Guadalajara dan diterima oleh José Antonio Torres, yang tidak lama sebelum itu mengambil kota itu. Di sini, Hidalgo mengeluarkan dekrit penghapusan perbudakan, cap kertas, dan alcabalas, dan menaja percetakan surat kabar pemberontak El Despertador Americano.
Pada 17 Januari 1811, para pemberontak dikalahkan di jambatan Calderón dan pasukan kerajaan Calleja memulihkan Guadalajara, dengan mengambil alih perintah José de la Cruz, yang bersama Uskup Cabañas, memusnahkan wabah pemberontakan.
Diisytiharkan kemerdekaan pada tahun 1821, negara Jalisco yang bebas dan berdaulat didirikan, meninggalkan Guadalajara sebagai ibu negara dan pusat kekuasaan.
Ketidakstabilan yang berlaku sepanjang hampir seluruh abad kesembilan belas di negara ini, yang diperburuk oleh pencerobohan asing, menyukarkan, tetapi tidak menghalang negara dan khususnya di ibu kotanya untuk terus berkembang dalam pelbagai perintah. Contoh nyata ialah: pada suku kedua abad ini, pembentukan Institut Sains Negeri; pembinaan Sekolah Seni dan Kraf, Taman Botani, Penitentiary dan Pantheon Bethlehem, serta pembukaan kilang-kilang pertama.
Pada awal tahun lapan puluhan, trem tarikan daya tarikan bandar muncul, lampu elektrik dipasang pada tahun 1884, pada tahun 1888 jalan kereta api pertama di Mexico tiba dan lampu jalan di Manzanillo pada tahun 1909. Pada tahun sembilan puluhan, Don Mariano Bárcena mengasaskan Balai Cerap Astronomi dan Muzium Perindustrian.
Semasa revolusi, di Guadalajara terdapat beberapa tindakan pemberontakan terhadap kediktatoran Díaz, seperti mogok pekerja dan tunjuk perasaan pelajar, dan Madero bahkan diterima pada tahun 1909 dan 1910 dengan penuh rasa simpati. Walau bagaimanapun, tidak ada peristiwa-peristiwa pertempuran selepas itu. Di sisi lain, ibukota Guadalajara mengalami semacam genangan yang berakhir pada tahun 1930 setelah perdamaian yang dipecahkan oleh perang Cristeros disepakati, memulai keinginan untuk pemodenan yang belum berakhir.
Lihat juga Bandar Kolonial: Guadalajara, Jalisco
