Pengkristianan Yaquis inilah yang memungkinkan agama itu menyebar pada tahun 1609, menembusi wilayah Sonora.
Semasa Penjajahan, Sonora hanya berhubungan dengan lereng Sierra Madre Occidental dalam had entiti tersebut. Wilayah yang berlari ke utara dari Sungai Yaqui, termasuk Real de la Cieneguilla, disebut Pimería Baja, dan wilayah paling utara dari Real ke Sungai Colorado - sudah ada di negara bagian Amerika Utara Arizona - disebut Pimería Alta.
Wilayah Sonoran yang ada sekarang juga merangkumi wilayah kecil di barat daya tempat yang kemudian dikenali sebagai Pimería, yang terletak di negeri Chihuahua dan Ostimuri, tempat yang terletak di pesisir Teluk California, antara sungai Mayo dan Yaqui.
Pada tahun 1614 para mubaligh Pérez de Rivas dan Pedro Méndez mengkristiankan orang Maya di daerah Ostimuri, membahagikan misi itu kepada tiga Daerah: Santa Cruz (di muara Mayo), Navojoa dan Tesia.
Tepahues digabungkan bersama dengan Cornicaris pada tahun 1620. Bapa Miguel Godínez mengasaskan misi San Andrés de Cornicari dan Asunción de Tepahui. . Pada tahun yang sama didirikan Rektorat San Ignacio, yang merangkumi, selain lima misi yang disebutkan sebelumnya, misi Bacúm, Torín dan Rahún, yang terletak di muara Yaqui.
Pada tahun 1617, Yaquis ditukarkan oleh ibu bapa Pérez de Rivas dan Tomás Basilio. Walaupun mengalami pemberontakan, rusuhan, siksaan, dan pembunuhan, penukaran Sonora lebih cepat dan lebih selamat. Menjelang abad ke-17, Jesuit berkembang dan mendirikan misi Maycoba dan Yecora di bahagian barat daya dari apa yang mereka kenali sebagai Chínipas.
Misi dari Sungai Yaqui ke utara dibahagikan kepada empat rektor: San Borja mengumpulkan misi: Cucumaripa dan Tecoripa , ditubuhkan pada tahun 1619; Movas dan Onovas, pada tahun 1622; Sahuaripa pada tahun 1627; Matape pada tahun 1629; Onapa pada tahun 1677 dan Arivechi , pada tahun 1727. Rektorat Tiga Syuhada Suci Jepun yang merangkumi Batuco ditubuhkan pada tahun 1627, Oposura pada tahun 1640 dan Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca dan San Miguel Bavispe , ditubuhkan pada tahun 1645. Dan Rektorat San Javier yang menyatukan misi Ures pada tahun 1636; Aconchi, Opodepe dan Banámichi pada tahun 1639; Cucurpe dan Arizpe pada tahun 1648, dan Cuaquiárachi pada tahun 1655.
Pada tahun 1687, mubaligh Eusebio Francisco Kino memasuki Pimería Alta dan memulakan misi Rektorat Nuestra Señora de los Dolores, mendirikan: Caborca, yang ditugaskan Francisco Javier Saeta yang memelihara korespondensi dengan sokongan spiritualnya, Bapa Kino; Atil, Tubutama, Our Lady of Sorrows dari Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera dan Imuris.
Setelah pengusiran Jesuit, misi-misi tersebut ditugaskan oleh orang-orang Fransiskus, yang tidak membangun lagi dan hanya mengehadkan diri untuk berusaha mempertahankan yang ada. Setelah orang-orang Yesuit telah mendirikan penempatan di Sinaloa dan Sonora, mereka mengalihkan pandangan ke wilayah California.
